一、cfDNA甲基化研究背景和方案简介

cfDNA(Cell Free DNA)是血浆中的游离核酸，是细胞凋亡、坏死释放出来的DNA片段。癌症患者的cfDNA中还含有来自于肿瘤的ctDNA(Circulating Tumor DNA)，是肿瘤液体活检的分子基础。与健康对照相比，癌症患者的cfDNA总量增加，而在治疗后降低。目前，cfDNA检测的已用于肿瘤无创早筛、预后、伴随诊断和用药指导等领域。

cfDNA的甲基化模式包含丰富的信息，如可追溯组织来源。健康个体的cfDNA来自白细胞（55%）、红细胞祖细胞（30%），血管内皮细胞（10%）和肝细胞（1%）。通过对cfDNA的甲基化检测，识别健康和病理条件下的特异性cfDNA，从而确定体内死亡细胞和来源，推断患者可能患有的疾病。然而，cfDNA的甲基化检测由于起始量低，通常以低通量技术进行检测。若采用全基因组范围的甲基化测序，通常需要很高的测序深度，花费昂贵的实验费用。

为了解决痛点，中科普瑞继SINO FFPE 甲基化研究解决方案后，基于850K甲基化芯片平台，推出SINO cfDNA 850K甲基化芯片解决方案，突破cfDNA样本总量低、片断化严重的难题，为相关领域的科研人员带来全新的DNA甲基化检测体验。

与常规的DNA甲基化检测不同，SINO cfDNA 甲基化研究解决方案在bisulfite转化后，采用优化处理与线性扩增，提升cfDNA质量和芯片杂交效果，实现低起始量、高重复性、高检出率的cfDNA全基因组甲基化分析。

二、SINO cfDNA甲基化研究解决方案可靠的数据质量

SINO cfDNA 甲基化研究解决方案对不同肿瘤、不同DNA input量，输出产出数据质量可靠。探针检出率约99%，芯片数据箱线图、β值密度曲线图完整无异常。

 cfDNA测试样本数据质控图 

二、SINO cfDNA甲基化研究解决方案优秀的技术重复性

多次技术重复数据显示，R²>0.95！

如下图，来自同一个体的cfDNA，分别进行了25ng，30ng以及50ng input的技术重复实验，芯片数据技术重复性R²分别为： 0.9504， 0.9592和0.9746。

不同cfDNA input量技术重复性评估—相关性热力图

不同癌种的区分

不同癌肿的cfDNA数据，呈现不同的甲基化谱。样本间相关性远低于技术重复样本。

如下图，肺癌DNA、肾癌DNA、肝癌DNA，均以30ng input实验，芯片数据PASS CpGs比率为分别为99.06%、99.54%、99.69%，样本两两相关性R2分别为0.8572、0.9000、0.8168。 

不同肿瘤之间的cfDNA数据相关性评估—相关性热力图

三、850K甲基化芯片介绍

Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片（850K）是全基因组DNA甲基化检测的经典技术。该芯片包含86万CpG位点，全面覆盖基因启动子区、基因编码区、CpG岛以及增强子区域。本芯片是肿瘤、复杂疾病研究，EWAS研究的有力工具。

SINO cfDNA 甲基化研究解决方案通过技术优化，在芯片检测样本类型上填补了cfDNA的空白，极大的降低了850K芯片检测的起始模板量，仅需25ng即可开展全基因组范围的cfDNA甲基化检测。