RIP-seq（RNA Immunoprecipitation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，通过特异性抗体对RNA结合蛋白进行免疫共沉淀，获得的RNA采用高通量测序技术得到与蛋白质结合的所有RNA的序列信息，通过后续的数据分析可以获得与蛋白质相互作用的RNA信息。RIP技术是研究转录后调控网络动态过程的有力工具。
实验方案
样本准备 — 裂解物准备 — RIP实验 — RIP产物质检 — RNA文库制备 — 上机测序 — 数据分析
分析内容
应用对象
已知有感兴趣的蛋白，探究与蛋白结合的RNA分子（RNA分子可以为mRNA以及非编码RNA）；准确获取蛋白结合RNA的特征；获取蛋白结合序列的偏好性。
技术优势
✔ 覆盖度广：可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定；
✔ 灵敏度高：可获得数百万条的序列，有利于对稀有的蛋白结合位点的发现和研究；
✔ 分辨率高：可精确定位RNA与蛋白质结合位点；
✔ 定量范围广：高于6个数量级的动态检测范围，同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。
样本量要求
✔ 细胞样本＞1*108；
✔ 组织 >100mg；
案例分享
RIG-I在ATRA诱导的APL细胞髓系分化中表达上调，是一种细胞质RNA受体，在先天性抗病毒免疫中发挥重要作用。然而，RIG-I在造血中的作用尚不清楚。本研究利用RIP seq实验在ATRA处理后的APL细胞中发现了许多RIG-I结合内源RNA，其中RIG-I可以与TRIM25 mRNA结合，增强RNA的稳定性，上调蛋白的表达。同时利用RNA pull down实验对RIG-I与TRIM25 mRNA的相互作用得到验证。此外，RIG-I通过激活STAT1/2和IRF1，上调ISGylation通路中的关键基因，促进ISG化。RIG-I与STAT1 / 2和IRF1共同促进了ISGylation途径的激活。
RIP seq
RNA pull down
服务案例：RNASEQ + RIPSEQ 助力前体MRNA剪接机制研究
