普瑞文献 | RNAseq + RIPseq 助力前体mRNA剪接机制研究

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近日, Nature Communications期刊在线发表了浙江大学马忠华教授团队和美国德州农工大学Won Bo Shim教授团队合作完成的最新研究成果: The RNA binding protein FgRbp1 regulates specific pre-mRNA splicing via interacting with U2AF23 in Fusarium。本研究揭示了RNA结合蛋白FgRbp1调控禾谷镰刀菌前体mRNA剪接的分子机制,为防控赤霉病新药靶的发掘奠定基础。


禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum)是小麦赤霉病(FHB)的主要病因,小麦赤霉病是一种在世界范围内造成经济损失的谷类作物病害。mRNA前体(pre-mRNA)的剪接是真核细胞中是受严格调控的重要过程,pre-mRNA剪接对于病菌的各种细胞过程至关重要,然而目前对其剪接的调控机制尚不清楚。本研究鉴定了禾谷镰刀菌中一种含有RRM结构域的RNA结合蛋白FgRbp1。FgRbp1的缺失会使47%禾谷镰刀菌内含子的基因转录物的剪接效率降低,导致其严重的生长、发育等缺陷。研究发现,人源蛋白RBM42在ΔFgRbp1中的异源表达能够挽救生长缺陷。FgRbp1可特异性识别并结合靶标mRNA中的CAAGR序列,并与剪接因子FgU2AF23相互作用,从而导致FgU2AF23到靶向mRNA的募集增强,提高靶标mRNA的剪接效率。这项研究表明,FgRbp1可以以序列依赖的方式调控禾谷镰刀菌中的前体mRNA剪接。


部分研究结果展示


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RNAseq发现ΔFgRbp1突变株内含子保留率显著高于野生型



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RIP-seq鉴定FgRbp1靶标mRNA


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FgRbp1结合靶mRNA中的CAAGR顺式元件



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FgRbp1调控核糖体蛋白基因(RPG)剪接并促进FgU2AF23募集至靶向mRNA

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