表观星图计划(2019)—推进合作临床研究项目支持国产DNA甲基化肿瘤早筛产品的验证与开发

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中科普瑞发布国内首个十万人甲基化组计划 —表观星图计划


2018年3月23日,中科普瑞发布国内首个十万人甲基化组计划—表观星图计划(Epigenetics Atlas Project)。该计划通过大量甲基化数据的积累,成为表观或甲基化数据质量标准制定者,提供基于甲基化的临床基因检测和消费型基因检测服务。同时,在DNA结构和功能层面开发面向临床快速、准确诊断型产品。目前,星图项目组与各合作单位,就肿瘤(包括肺癌、胃癌、食管癌、淋巴瘤等)甲基化研究、糖尿病等慢性病甲基化研究、精神类疾病甲基化研究、法医学表型研究、双生子甲基化研究等进行合作。首批合作单位包括中国医学科学院肿瘤医院、中科院计算所、中科院上海生命科学研究院、上海交通大学医学院、上海市第一人民医院、上海交通大学附属第九人民医院、司法鉴定科学研究院、北京市中医研究院、浙江大学、广州医科大学、西安交通大学第一附属医院等。


表观星图计划(2019):WGBS分子标记合作研究者计划


液态活检作为肿瘤早期基因筛查的无创检测方式,是当今精准医学中的热门话题。从尚未出现症状的癌症患者血液中寻找到肿瘤特异性的分子标签,是对癌症进行早期筛查和诊断的重要手段。由于游离DNA(cfDNA)的甲基化模式能追溯到起源组织,针对cfDNA的甲基化研究,是液态活检的重要方向。2017年,GRAIL率先启动了“循环游离基因组图谱试验”(Circulating Cell-free Genome Atlas Study,CCGA),一开始对乳腺癌,鼻咽癌等进行大规模的研究,其中就包括开展全基因组亚硫酸氢盐测序和cfDNA靶向亚硫酸氢盐测序,寻找肿瘤特异性的甲基化分子标签。作为国内率先开展“十万人甲基化研究”的实施方,我们立志于推动国内的表观遗传研究。因此,从DNA甲基化角度,使国内的肿瘤液态活检研究走在国际研究前列,是我们努力的方向。表观星图计划(2019)希望从循环游离DNA甲基化图谱研究入手寻找合作研究者,以全基因组甲基化测序(WGBS)、靶向panel等策略方法,运用机器学习算法等前沿技术,寻找肿瘤早筛和诊断的分子标签,并对癌症早筛产品进行调整。在资本的助力下,表观星图计划将不断推进其临床研究项目,支持国产DNA甲基化肿瘤早筛产品的验证与开发。


中科普瑞DNA甲基化肿瘤早筛产品展望


DNA甲基化修饰的变异往往出现在肿瘤早期,在血浆中稳定存在并且还携带其组织来源信息,所以多年来一直被视为肿瘤早期诊断的理想标记。甲基化分子标记研究成果频出,各种检测技术层出不穷。Infinium甲基化芯片因其稳定可靠脱颖而出,成为科研工作者公认的甲基化数据研究技术,也在TCGA等大型计划中积累了丰富的珍贵数据,鉴定了众多的甲基化分子标记。肿瘤的早期诊断的目标对象是血浆样本,之前能够实际应用主要是基于定量PCR的技术,如MethyLight, cMethDNA等。而二代测序技术的发展以及甲基化单体型理论的应用,为甲基化在肿瘤早期诊断的产品开发铺平了道路。中科普瑞致力于表观遗传领域的基础与临床科研服务,提供850K (EPIC)甲基化芯片、WGBS以及甲基化捕获测序等甲基化研究与分子标记开发技术服务。在此基础上,中科普瑞开发了基于捕获甲基化测序的肺癌早期诊断产品,之后将进一步积累数据,并将检测癌种扩大到肠癌与肝癌。


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