CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag)是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合,并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。
技术优势
与传统ChIP-Seq相比,该技术具有以下优势:
1) 它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白或转录因子等的抗体和 Protein G/A 的介导,使得与 Protein G/A 融合的 Tn5 酶在切割 DNA 片段的同时在序列两端加上测序接头,经过 PCR 扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库;
2) 该技术无需交联与超声打断操作,规避了其所引起的抗原决定簇遮盖和样本损失问题,提高了信噪比,并且极大地降低了样本起始量,最低仅需60个细胞即可完成实验。
应用范围
CUT&Tag技术可从基因组范围内检测组蛋白、RNA polymerase II和转录因子等蛋白质结合的DNA区域,应用于临床和科研的表观遗传学研究。或是结合生物信息学分析,找到转录因子下游调控的靶基因,为进一步阐明生物学机制提供依据。
实验流程
样本要求
✔ 细胞样本:数目大于60。上海周边地区可以送贴壁或悬浮细胞,常温运输。
✔ 动物组织:质量大于10mg。组织需要新鲜,无血管无结缔组织等杂质。-80度冻存,干冰运输。
✔ 动物组织:质量大于500mg,锡纸包裹,液氮冻存,干冰运输。
生物信息分析流程
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