BD平台开展海洋生物单细胞研究的优势

²盐离子浓度、金属离子浓度以及其它干扰物质

10x Genomics平台是将细胞、逆转录反应Mix、引物等成分通过包裹成油包水液滴的形式，实现在一个封闭的微型反应系统内，完成单个细胞转录组的逆转录反应。细胞缓冲液中或细胞中的高浓度盐离子、金属离子、残留的EDTA和DNase I等成分也都会被包裹在液滴内，从而影响逆转录酶的活性，导致反转录失败或者低效。

BD Rhapsody平台是半开放的体系，通过细胞和磁珠共同沉降到微孔板里，来达到捕获单细胞转录组的效果。细胞经过裂解后，所有干扰物质包括金属离子、细胞重悬溶液中含有的EDTA和DNase I等都会被清洗，只留下干净的mRNA被磁珠回收。在干净的反应体系中，逆转录酶的活性不受抑制，反转录反应能正常进行。

²细胞偏小、mRNA含量偏低

无论是微流控技术还是微孔捕获技术，对于较小的细胞，由于细胞捕获过程中（被包入油滴或者落入微孔）的动力学特征的影响，有可能造成一定的细胞数目偏差。10x Genomics平台是封闭系统，一次性快速的完成液滴包裹实验，无法调整实验参数，直到测序完成后，通过生物信息学分析才能知道捕获的细胞数目。如果利用BD Rhapsody 平台的实时成像监控系统，可以通过监控现场的荧光/明场的扫描结果，调整细胞沉降的实验参数，从而把控实验质量，保证单细胞测序实验能够按照预期顺利有序地进行。

中科普瑞的海洋生物单细胞项目实例

图 中科普瑞单细胞平台利用BD Rhapsody系统完成的海洋生物单细胞测序项目的聚类分群结果。大量实验结果显示，通过BD单细胞测序，可以轻松解析海洋生物体内单细胞水平的异质性。结合mRNA转录本的功能和人工注释细胞类型，海洋生物的研究尽在掌控。