1. 粪便样本：对于啮齿动物，最简单直接的方法是收集粪粒；对于人，尽量去除更多水分。将粪便收集后，以0.25-0.5g左右的量分装入冻存管，立即冷却-20℃保存；（有条件的可保存在-80℃）避免反复冻融。或4℃保存在2周内运输至实验室。

注意：避免使用类似RNAlater的保护液来保存粪便，这样会影响下游DNA的提取。

2. 土壤样本：收集样本后，尽量去除大块沙石，以250mg-500mg左右的量进行分装，可4℃保存一周，冰袋运输；或-80℃冻存，干冰运输。避免反复冻融。

3. 水体样本：提取的总量与所含微生物的量有关，请尽量选用微生物活度高，杂质含量少的水体，保持水体的原始状态。推荐使用直径为47mm的滤膜过滤后，将滤膜取下后-80℃保存，干冰运输。每份样本提供2片以上滤膜。

若需要过滤大量低微生物含量的清凉水体，0.22μm孔径聚苯醚砜材质的滤膜更合适。

如果水样浑浊，建设使用0.45μm孔径混合纤维素脂材质的滤膜更合格。