近年来大量研究表明非编码RNA在人类疾病调控中扮演重要角色。为开发疾病诊断标志物和筛选新药靶标带来新方向。同时，越来越多的新的转录组实验结果表明，基因组非编码序列有绝大部分是可以表达的。越来越多的事实证明转录出来的非编码RNA具有重要的生物学功能。
相关系列芯片服务：
Sino lncRNA芯片、Sino circRNA芯片、Sino ceRNA芯片
þ Sino Human ceRNA芯片V3.0
Sino human ceRNA array V3.0 是一款最大程度对转录产物进行检测的高通量芯片，检测范围包括circRNA, lncRNA, mRNA, small RNA（不包括miRNA）。通过该芯片的检测，可以在全基因组范围内检测目前已知的差异RNAs分子，为后续的功能研究，特别是ceRNA机制研究提供依据。
Sino Human ceRNA array V3.0芯片特点
² 一举多得：可针对circRNA、lncRNA、smallRNA(miRNA除外)和mRNA进行全方位检测，覆盖范围广，一举多得，畅游ceRNA调控研究。
² 样品量少：满足总RNA量大于200 ng，就能进行芯片实验。非常适合微量样本，血来源样本，外泌体样本等。
² 平台稳定：基于Agilent eArray平台设计，采用Agilent SurePrint技术合成，稳定性好，能够对表达丰度相对较低的circRNA和lncRNA进行有效检测。
² 数据库新：芯片探针设计来源数据库包括国际主流认可circRNA数据库，lncRNA数据库等。（数据库更新时间，请蒋敏补充）
² 最新收录：芯片收录了各大数据库中有关small RNAs相关数据，包括misc_RNA ，snoRNA，snRNA等。
² 注释完整：根据已有相关数据库信息，对芯片上检测得RNAs进行疾病和外泌体检测注释。
² 验证严格：芯片对检测的circRNAs进行了严格筛选和挑选，确保后期验证的高效性。
² 预测分析：通过生物信息学的预测与数据分析，最大程度挖掘可能潜在存在的RNAs-miRNA-mRNA关系对，为后续的ceRNA机制研究提供参考。
Sino Human ceRNA array V3.0芯片参数
1. 芯片检测的RNA的数量分布
规格 | 探针长度 | circRNA数目 | ncRNA数目 | mRNA数目 |
4×180K | 60 nt | 53,635 | 91,614 | 25,353 |
2. 参考数据库来源及数量
数据库 | circBase | NCBI | Ensemble | Noncode V5 | Lncipedia5.0 |
检测数量 | 53,635 | 19,592 | 6,833 | 62,670 | 2,519 |
Sino Human ceRNA array V3.0芯片数据分析流程
基础分析 | |
1. 原始数据处理分析 | 1）数据归一化 |
2）箱线图 | |
3）样本聚类图 | |
4）样本相关性分析 | |
5）主成份分析 (PCA) | |
2. 差异基因筛选 | 1）表达差异基因筛选 |
2）散点图 | |
3）火山图 | |
4）差异基因层级聚类热图 | |
3. 母基因功能分析（GO/KEGG） | |
4. circRNA吸附miRNA预测 | |
5. lncRNA cis/trans靶基因预测 | |
6. circRNA/lncRNA疾病与外泌体研究注释 | |
7. 靶基因功能分析（GO/KEGG） | |
Sino Human ceRNA array V3.0芯片数据分析展示
1. 原始数据处理分析
2. 差异基因筛选
3. 母基因功能分析（GO/KEGG）
4. circRNA/lncRNA吸附miRNA预测
近年的研究表明，circRNA/lncRNA分子富含microRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵吸附（miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平，这种机制称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。我们通过对circRNA/lncRNA与miRNA可能结合的位点分析，预测circRNA/lncRNA吸附的miRNA分子，以便于从ceRNA角度研究circRNA/lncRNA的分子功能。
5. lncRNA的cis/trans靶基因预测
Cis: 选取与lncRNA距离小于10kb的gene作为cis作用的靶基因。
Trans: 预测采用数据库是物种对应的gene序列数据库。先采用blast选择出序列上具有互补性或相似性的序列，再利用RNAplex计算两序列之间的互补能量，选择e≤−30的序列。
6. lncRNA/circRNA疾病与外泌体研究注释
lncRNA/circRNA与疾病的发生发展有着密切关系。虽然目前已知切确功能的lncRNA或circRNA不多，但已有大量相关文献报道为研究lncRNA或circRNA提供了参考。我们采用lncrnadisease（http://www.cuilab.cn/lncrnadisease）和CSCD（http://gb.whu.edu.cn/CSCD/）数据库对目前疾病中发现的lncRNA和circRNA进行注释。
外泌体形成是由细胞膜内陷，形成内体(endosome)，再形成多泡体(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡结构。外泌体携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我们采用exorbase （http://www.exorbase.org/）和exoCarta（http://www.exocarta.org/）数据库，对已有研究的外泌体中发现的lncRNA和circRNA进行注释，为后续研究，特别是外泌体研究提供参考。
高级分析展示
